Η Εγκατάσταση Επεξεργασίας Λυμάτων στη Κοινότητα Λιμένα Θάσου υλοποιήθηκε μέσω της Πράξης με τίτλο «Κατασκευή Βιολογικού Καθαρισμού Λιμένα Θάσου» στο ΠΕΠ-ΑΜΘ 2000-2006 για την εξυπηρέτηση των κατοίκων της πρωτεύουσας του νησιού.
Το υποέργο «Κατασκευή Βιολογικού Καθαρισμού Λιμένα Θάσου» μαζί με τα υποέργα «Κεντρικός Αποχετευτικός Αγωγός (Κ.Α.Α.), Αντλιοστάσιο Α3, Εξοπλισμός Αντλιοστασίου Α2 και οδός προσπέλασης στο ΒΙΟ.ΚΑ», «Σύνδεση Βιολογικού Καθαρισμού με δίκτυα ΔΕΗ και ηλεκτροδότηση του αντλιοστασίου Α3» και «Σωστική ανασκαφική έρευνα» χρηματοδοτήθηκαν από το ΠΕΠ ΑΜΘ 2000-2006, με το ποσό των 3.251.671,84€. Το κόστος του συνόλου του έργου ανήλθε σε 3.801.281,01€, με τη διαφορά των 549.609,17€ να αποτελεί μη επιλέξιμη δαπάνη, η οποία καλύφθηκε μέσω δανειακής σύμβασης και εξοφλήθηκε από ιδίους πόρους της Δ.Ε.Υ.Α. Θάσου. Η λειτουργία της ΕΕΛ ξεκίνησε το 2009.
Η ΕΕΛ βρίσκεται σε δασική έκταση στην περιοχή Νυστέρι της Κοινότητας Λιμένα Θάσου σε έκταση 8.800m2, σε απόσταση 500m από τη θάλασσα.
Ο σχεδιασμός της ΕΕΛ έγινε για να εξυπηρετεί πληθυσμό 22.500 κατοίκων μέχρι το έτος 2050.
Η επεξεργασία των λυμάτων βασίζεται στη μέθοδο επεξεργασίας της ενεργού ιλύος με παρατεταμένο αερισμό με παράλληλη νιτρικοποίηση-απονιτρικοποίηση. Τελικός αποδέκτης των επεξεργασμένων λυμάτων είναι η θαλάσσια περιοχή του όρμου της Παναγίας με υποθαλάσσιο αγωγό που εκβάλλει σε απόσταση 940m από την ακτή.